Khalifa Sall naît à Louga, au cours du voyage de sa famille pour rejoindre Dakar. Les parents de Khalifa Sall avaient quitté le village de Gankette pour rejoindre la capitale, ils passèrent deux nuits à Louga et c’est durant ce séjour qu’est né Khalifa Sall. Son père était commerçant dans la gestion financière et sa mère vendeuse de couscous.
Khalifa Sall a grandi à Dakar dans le quartier de Grand Yoff. Il a fréquenté l’école primaire Mor Fall de son quartier. Il poursuit ses études au lycée Blaise Diagne.
Il a été le premier à être marié parmi son groupe d’amis – il a donc logé au pavillon des étudiants mariés PM6 et a occupé la chambre 16 avec son épouse, Marieme Fall.