Né d’un père sénégalais et d’une mère française, il débute très jeune le football. Formé comme défenseur central au centre de formation du Paris Saint-Germain, Habib Beye rejoint en 1998 le Racing Club de Strasbourg sous la houlette de Jacky Duguépéroux où il fait ses premiers pas professionnels. Il joue son premier match pro le 30 août 1998 contre Rennes lors de la 4e journée de Ligue 1.
Ayant la double nationalité sénégalaise et française, il choisit la nationalité sénégalaise afin de pouvoir jouer en sélection avec les Lions de la Téranga alors que la sélection française le convoite également. Il dira six ans après sa retraite internationale ne pas regretter ce choix3.
Il participe 4 fois à la CAN en 2002, 2004, 2006 et 2008 et à la Coupe du monde 2002.
Après la déroute sénégalaise lors de la CAN 2008, Habib Beye annonce sa retraite internationale en février 2008, à seulement 30 ans et après 45 sélections (1 but). Il aura joué son dernier match international contre l’Angola lors de la phase de groupe de la coupe d’Afrique des nations.
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